Ofrece a las aplicaciones (de usuario o no) la posibilidad de acceder a los servicios de las demás capas y define los protocolos que utilizan las aplicaciones para intercambiar datos, como correo electrónico (POP y SMTP), gestores de bases de datos y servidor de ficheros (FTP). Hay tantos protocolos como aplicaciones distintas y puesto que continuamente se desarrollan nuevas aplicaciones el número de protocolos crece sin parar.
Entre los protocolos (refiriéndose a protocolos genéricos, no a protocolos de la capa de aplicación de OSI) más conocidos destacan:
* HTTP (HyperText Transfer Protocol) el protocolo bajo la www
* FTP (File Transfer Protocol) ( FTAM, fuera de TCP/IP) transferencia de ficheros
* SMTP (Simple Mail Transfer Protocol) (X.400 fuera de tcp/ip) envío y distribución de correo electrónico
* HTTP (HyperText Transfer Protocol) el protocolo bajo la www
* FTP (File Transfer Protocol) ( FTAM, fuera de TCP/IP) transferencia de ficheros
* SMTP (Simple Mail Transfer Protocol) (X.400 fuera de tcp/ip) envío y distribución de correo electrónico
* POP (Post Office Protocol)/IMAP: reparto de correo al usuario final
* SSH (Secure SHell) principalmente terminal remoto, aunque en realidad cifra casi cualquier tipo de transmisión.* Telnet otro terminal remoto, ha caído en desuso por su inseguridad intrínseca, ya que las claves viajan sin cifrar por la red.
Hay otros protocolos de nivel de aplicación que facilitan el uso y administración de la red:
* SNMP (Simple Network Management Protocol)
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